Visores moleculares
Internet ofrece muchas posiblidades para visualizar moléculas en tres dimensiones y rotarlas a voluntad para entender su estructura tridimensional.
Hay diferentes formatos que nos podemos encontrar en la red; añadimos unas indicaciones sobre su uso y algunos lugares donde encontrar ejemplos de moléculas.
Educaplus
Se trata de animaciones en el cada vez más popular formato Flash. Educaplus ofrece ahora un completo catálogo de moléculas en la dirección
http://www.educaplus.org/moleculas3d/index.html
Además de compuestos de todas los tipos, incluye también moléculas de vitaminas, fármacos, explosivos, drogas, Y ahora incorpora una sección con geometría molecular basada en la teoría VSEPR. Si no puedes ver la página anterior, es que necesitas el ‘plug-in’ gratuito flash player.
JMOL, un nuevo recurso para la visualización de moléculas
Se incorpora un nuevo visor a esta sección. En estos momentos es el que conjuga la mejor relación sencillez de uso/cantidad de recursos.
A diferencia de otros visores éste no necesita ser instalado, ya que corre sobre java. En esta página existen, literalmente, cientos y cientos de enlaces a páginas.
Para poder probarla basta con que pinches sobre la imagen de la derecha y se abrirá la molécula en tres dimensiones y manipulable. El resto… basta con ir probando los distintos controles, que se activan con el botón derecho del ratón.
Rasmol
Es un programa que funciona bajo entorno windows y que permite visualizar moléculas en formato pdb vistas en tres dimensiones -bolas y barras, ….- con posibilidad de giro en cualquier dirección. Aunque el programa es un poco antiguo (informáticamente antiguo) se sigue utilizando, ya que hay muchísimas moléculas elaboradas en ese formato, y resulta tan popular que se ha tenido que elaborar un plugin para que se puedan ver en browsers de páginas web (Iexplorer, Mozilla, etc). Puedes descargar el programa en
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm.
Protein Explorer
Resulta más potente que Rasmol y tiene más funcionalidad, trabajando con el mismo formato pdb. En la dirección
http://www.umass.edu/microbio/chime/pe/protexpl/frntdoor.htm
se afirma que ha revolucionado la enseñanza de la biología a nivel molecular. Desde ahí puedes descargar la versión 2.25 en español.
Chime
Si utilizas IExplorer podrás ver moléculas en formato .pdb si tienes instalado el plugin Chime: vistas en tres dimensiones -bolas y barras, ….- con posibilidad de giro en cualquier dirección. Si quieres descargarte el programa gratuito primero tienes que registrarte y puedes ir a
http://www.mdli.com/downloads/downloadable/index.jsp
En internet hay miles y miles de ejemplos de archivos con el formato pdb. Para ver moléculas y más moléculas puedes visitar, por ejemplo TOM (The molecule of the month), de la Universidad de Bristol, Reino Unido en la dirección
http://www.chm.bris.ac.uk/motm/motm.htm
Una pequeña recopilación de materiales y direcciones la puedes encontrar en
http//fq.cebollada.net/quimicaprimero/chime.html
En Webelements, la tabla periódica más completa de la red, podrás encontrar muchas estructuras.
En las dos direcciones siguientes encontrarás aplicaciones a la enseñanza de la estructura de los compuestos del carbono en general y de la biología molecular en particular http://www2.uah.es/biomodel/ y http://www3.usal.es/~dbbm/modmol/ (desde ellas accederás a multitud de bancos de datos de moléculas y de páginas web).
Si quieres buscar en la red moléculas con este formato entra en
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/pdblite.htm
VRML
El lenguaje VRML (Virtual Reality Markup Language) permite movimiento alrededor y a través de las moléculas construidas. Hace falta un programa visor VRML o un plugin para browsers web (se puede usar el cortona, accesible en la dirección
http://www.parallelgraphics.com/products/cortona/).
En la página The molecule of the month también podrás ver moléculas en este formato.
Más sobre geometría molecular
http://concurso.cnice.mec.es/cnice2005/93_iniciacion_interactiva_materia/curso/index.html
http://dec.fq.edu.uy/ecampos/catedra_inorganica/general1/geometria/tapa.html
COSAS DE CIENCIA... Física y Química 